Высшая Школа Экономики создана в 2005 году решением Совета директоров Университета КАЗГЮУ. ВШЭ имеет следующую структуру:

Бизнес Совет — это официальный орган в организационной структуре ВШЭ, определяющий стратегию и развитие ВШЭ. Членами Бизнес Совета являются топ-менеджеры государственного и квазигосударственного сектора и частных компаний. На ежегодных собраниях Бизнес Совета ВШЭ транслирует отраслевую повестку дня лицам, принимающим решения, помогая формировать содержание образования в соответствии с требованиями рынка труда.

Комитеты ВШЭ являются органами самоуправления на уровне Школы. Комитеты состоят из преподавателей (члены с правом голоса) и всех администраторов ВШЭ (членов без права голоса).

Комитет по Академическому качеству (КАК) осуществляет постоянный мониторинг академического качества программ бакалавриата и послевузовских программ ВШЭ, рассматривает и утверждает академические программы, учебные планы и силлабусы дисциплин, экзаменационные задания и тематики выпускных работ. Помимо преподавателей и администрации, в его состав входят координаторы академических программ и студенты. Комитет по оценке и развитию персонала ВШЭ дважды в год осуществляет оценку работы преподавателей и по мере необходимости участвует в процессе найма новых преподавателей. Кроме того, Комитет регулярно проводит обсуждение политики и вопросов, связанных с оценкой и развитием академического персонала. Комитет по этике ВШЭ рассматривает дисциплинарные и этические вопросы, в частности жалобы студентов и преподавателей ВШЭ, нарушение Кодекса академической честности студентами, сотрудниками и преподавателями, этические вопросы, связанные с исследованиями и т. д.

Администрацию ВШЭ представляют декан, заместители декана, офис эдвайзеров, сотрудники Центра карьеры, практики и трудоустройства ВШЭ, и тьютор-менеджер по послевузовскому и дистанционному обучению.

С 2021 года ВШЭ предлагает 6 программ бакалавриата, 3 программы магистратуры и 1 программу докторантуры PhD (больше информации в разделе «Поступающим»).